Politicamente si è mosso il PD, con diversi esponenti comaschi e varesini che si sono rivolti con un'interrogazione urgente al al ministro italiano dei trasporti, Graziano Delrio, dicendosi preoccupati per la decisione unilaterale della Regione Lombardia (dando dunque indirettamente ragione al Ticino, di cui suffragano la versione). Il segretario del PD regionale, Alessandro Alfieri sostiene che non è tempo di scelte prese da una parte sola bensì di discussioni e decisioni concordi, mentre il sindaco di Varese ha chiesto alla sua Regione di rivedere la decisione, vista l'importanza del collegamento per la sua Città.